Transkripsiyon Faktör Sınıfları

**Prof. Dr. Sinsi** · 08-04-2012

Transkripsiyon
Transkripsiyon nedir
Transkripsiyon faktör sınıf listesi

Transkripsiyon faktörleri çoğu zaman DNA bağlanma bölgelerindeki benzerliğe göre sınıflandırılırlar:

1 Üst sınıf: Bazik bölgeler (Bazik-sarmal-halka-sarmal)

1

1 Sınıf: Lösin fermuar faktörleri (bZIP)
1

1

1 Aile: AP-1(-türü) bileşkeler; (c-Fos/c-Jun) dahildir
1

1

2 Aile: CREB
1

1

3 Aile: C/EBP-türü faktörler
1

1

4 Aile: bZIP / PAR
1

1

5 Aile: Bitki G-kutusuna bağlanan faktörler
1

1

6 Aile: sade ZIP
1

2 Sınıf: sarmal-halka-sarmal faktörler (bHLH)
1

2

1 Aile: Her yerde bulunan (Ubiquitous) (Sınıf A) faktörler
1

2

2 Aile: Myojenik transkipsiyon faktörleri (MyoD)
1

2

3 Aile: Achaete-Scute
1

2

4 Aile: Tal/Twist/Atonal/Hen
1

3 Sınıf: sarmal-halka-sarmal / Lösin fermuar faktörler (bHLH-ZIP)
1

3

1 Aile: Her yerde bulunan bHLH-ZIP faktörleri; USF (USF1, USF2); SREBP) dahildir
1

3

2 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri; c-Myc dahildir
1

4 Sınıf: NF-1
1

4

1 Aile: NF-1 (NFIC)
1

5 Sınıf: RF-X
1

5

1 Aile: RF-X (NFX2, NFX3, NFX5)
1

6 Sınıf: bHSH

2 Üst sınıf: Çinko koordinasyonu yapan DNA bağlanma bölgeleri
2

1 Sınıf: Cys4 Çekirdek reseptörlerinin çinko parmağı tipi
2

1

1 Aile: Steroit hormon receptörleri
2

1

2 Aile: Tiroit hormon reseptörü-gibi faktörler
2

2 Sınıf: dçeşitli Cys4 çinko parmakları
2

2

1 Aile: GATA transkripsiyon faktörleri
2

3 Sınıf: Cys2His2 çinko parmağı bölgesi
2

3

1 Aile: Her yerde bulunan faktörler, TFIIIA, Sp1 dahil
2

3

2 Aile: DGelişimsel / hücre döngüsü düzenleyicileri; Krüppel dahildir
2

3

4 Aile: NF-6B-gibi bağlanma özelliği olan büyük faktörler
2

4 Sınıf: Cys6 sistein-çinko öbekli
2

5 Sınıf: Dönüşümlü içerikli çinko parmaklar

3 Üst sınıf: sarmal-halka-sarmal

3

1 Sınıf: Homeo bölgesi
3

1

1 Aile: Sadece Homeo bölgesi; Ubx dahildir
3

1

2 Aile: POU bölgesi faktörleri; Oktamer transkripsiyon faktörü (Oct) dahildir
3

1

3 Aile: LIM bölgeli Homeo bölgesi
3

1

4 Aile: Homeo bölgesi ile çinko parmak motifleri
3

2 Sınıf: Eşli kutu (paired box)
3

2

1 Aile: Eşli ile homeo bölgesi
3

2

2 Aile: Yalnızca Eşli bölge
3

3 Sınıf: Fork head / winged helix
3

3

1 Aile: Gelişimsel düzenleyiciler; forkhead dahildir
3

3

2 Aile: Doku-spesifik düzenleyiciler
3

3

3 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri
3

3

0 Aile: diğer düzenleyiciler
3

4 Sınıf: Isı şoku faktörleri
3

4

1 Aile: HSF
3

5 Sınıf: Tryptofan öbekleri
3

5

1 Aile: Myb
3

5

2 Aile: Ets-benzeri
3

5

3 Aile: Interferon düzenleyici faktörler
3

6 Sınıf: TEA bölgesi
3

6

1 Aile: TEA (TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4)

4 Üst sınıf: küçük oluk temaslı beta-iskele faktörleri
4

1 Sınıf: RHR (Rel homoloji bölgesi)
4

1

1 Aile: Rel/ankyrin; NF-kB
4

1

2 Aile: yalnızca ankyrin
4

1

3 Aile: NF-AT (NFATC1,NFATC2)
4

2 Sınıf: STAT
4

2

1 Aile: STAT
4

3 Sınıf: p53
4

3

1 Aile: p53
4

4 Sınıf: MADS-kutusu
4

4

1 Aile: Gelişim düzenleyicileri; (Mef2) dahildir
4

4

2 Aile: Dış sinyal tepki verenler, SRF (serum tepki faktörü)
4

5 Sınıf: beta-fıçı alpha-sarmal transkripsiyon faktörleri
4

6 Sınıf: TATA bağlanma proteinleri
4

6

1 Aile: TBP
4

7

1 Aile: SOX, SRY
4

7

2 Aile: TCF-1
4

7

3 Aile: HMG2-benzeri, SSRP1
4

7

5 Aile: MATA
4

8 Sınıf: Heteromerik CCAAT faktörler
4

8

1 Aile: Heteromeric CCAAT faktörleri
4

9 Sınıf: Grainyhead
4

9

1 Aile: Grainyhead
4

10 Sınıf: Soğuk şoku bölgesi faktörleri
4

10

1 Aile: csd
4

11 Sınıf: Runt
4

11

1 Aile: Runt

0 Üst sınıf: Diğer transcription Faktörleri
0

1 Sınıf: Bakır yumruk proteinleri
0

2 Sınıf: HMGI(Y)
0

2

1 Aile: HMGI(Y)
0

3 Sınıf: Cep bölgesi
0

4 Sınıf: E1A-benzeri faktörler
0

5 Sınıf: AP-2/EREBP-ilişkili faktörler

AP-1/DNA kompleksinin yapısı

AP-1, Jun ve Fos transkripsiyon faktörlerinden oluşmuş bir ikilidir, ikisinin birleştiği yerde bir lösin fermuar bölgesi (mavi) oluşur; iki alfa-sarmal arasında bulunan lösin kalıntıları bir fermuarın dişleri gibi birbirlerine geçerler

c-Myc transkripsiyon faktörünün DNA'ya bağlanmış hali, şematik gösterim

DNA'ya bağlanmış bir çinko parmağı bölgesinin şematik resmi

Antennapedia homeobölge proteinin DNA'ya bağlanmış hali

08-04-2012	#1
Prof. Dr. Sinsi	Transkripsiyon Faktör Sınıfları Transkripsiyon Transkripsiyon nedir Transkripsiyon faktör sınıf listesi Transkripsiyon faktörleri çoğu zaman DNA bağlanma bölgelerindeki benzerliğe göre sınıflandırılırlar: 1 Üst sınıf: Bazik bölgeler (Bazik-sarmal-halka-sarmal) 11 Sınıf: Lösin fermuar faktörleri (bZIP) 111 Aile: AP-1(-türü) bileşkeler; (c-Fos/c-Jun) dahildir 112 Aile: CREB 113 Aile: C/EBP-türü faktörler 114 Aile: bZIP / PAR 115 Aile: Bitki G-kutusuna bağlanan faktörler 116 Aile: sade ZIP 12 Sınıf: sarmal-halka-sarmal faktörler (bHLH) 121 Aile: Her yerde bulunan (Ubiquitous) (Sınıf A) faktörler 122 Aile: Myojenik transkipsiyon faktörleri (MyoD) 123 Aile: Achaete-Scute 124 Aile: Tal/Twist/Atonal/Hen 13 Sınıf: sarmal-halka-sarmal / Lösin fermuar faktörler (bHLH-ZIP) 131 Aile: Her yerde bulunan bHLH-ZIP faktörleri; USF (USF1, USF2); SREBP) dahildir 132 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri; c-Myc dahildir 14 Sınıf: NF-1 141 Aile: NF-1 (NFIC) 15 Sınıf: RF-X 151 Aile: RF-X (NFX2, NFX3, NFX5) 16 Sınıf: bHSH 2 Üst sınıf: Çinko koordinasyonu yapan DNA bağlanma bölgeleri 21 Sınıf: Cys4 Çekirdek reseptörlerinin çinko parmağı tipi 211 Aile: Steroit hormon receptörleri 212 Aile: Tiroit hormon reseptörü-gibi faktörler 22 Sınıf: dçeşitli Cys4 çinko parmakları 221 Aile: GATA transkripsiyon faktörleri 23 Sınıf: Cys2His2 çinko parmağı bölgesi 231 Aile: Her yerde bulunan faktörler, TFIIIA, Sp1 dahil 232 Aile: DGelişimsel / hücre döngüsü düzenleyicileri; Krüppel dahildir 234 Aile: NF-6B-gibi bağlanma özelliği olan büyük faktörler 24 Sınıf: Cys6 sistein-çinko öbekli 25 Sınıf: Dönüşümlü içerikli çinko parmaklar 3 Üst sınıf: sarmal-halka-sarmal 31 Sınıf: Homeo bölgesi 311 Aile: Sadece Homeo bölgesi; Ubx dahildir 312 Aile: POU bölgesi faktörleri; Oktamer transkripsiyon faktörü (Oct) dahildir 313 Aile: LIM bölgeli Homeo bölgesi 314 Aile: Homeo bölgesi ile çinko parmak motifleri 32 Sınıf: Eşli kutu (paired box) 321 Aile: Eşli ile homeo bölgesi 322 Aile: Yalnızca Eşli bölge 33 Sınıf: Fork head / winged helix 331 Aile: Gelişimsel düzenleyiciler; forkhead dahildir 332 Aile: Doku-spesifik düzenleyiciler 333 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri 330 Aile: diğer düzenleyiciler 34 Sınıf: Isı şoku faktörleri 341 Aile: HSF 35 Sınıf: Tryptofan öbekleri 351 Aile: Myb 352 Aile: Ets-benzeri 353 Aile: Interferon düzenleyici faktörler 36 Sınıf: TEA bölgesi 361 Aile: TEA (TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4) 4 Üst sınıf: küçük oluk temaslı beta-iskele faktörleri 41 Sınıf: RHR (Rel homoloji bölgesi) 411 Aile: Rel/ankyrin; NF-kB 412 Aile: yalnızca ankyrin 413 Aile: NF-AT (NFATC1,NFATC2) 42 Sınıf: STAT 421 Aile: STAT 43 Sınıf: p53 431 Aile: p53 44 Sınıf: MADS-kutusu 441 Aile: Gelişim düzenleyicileri; (Mef2) dahildir 442 Aile: Dış sinyal tepki verenler, SRF (serum tepki faktörü) 45 Sınıf: beta-fıçı alpha-sarmal transkripsiyon faktörleri 46 Sınıf: TATA bağlanma proteinleri 461 Aile: TBP 471 Aile: SOX, SRY 472 Aile: TCF-1 473 Aile: HMG2-benzeri, SSRP1 475 Aile: MATA 48 Sınıf: Heteromerik CCAAT faktörler 481 Aile: Heteromeric CCAAT faktörleri 49 Sınıf: Grainyhead 491 Aile: Grainyhead 410 Sınıf: Soğuk şoku bölgesi faktörleri 4101 Aile: csd 411 Sınıf: Runt 4111 Aile: Runt 0 Üst sınıf: Diğer transcription Faktörleri 01 Sınıf: Bakır yumruk proteinleri 02 Sınıf: HMGI(Y) 021 Aile: HMGI(Y) 03 Sınıf: Cep bölgesi 04 Sınıf: E1A-benzeri faktörler 05 Sınıf: AP-2/EREBP-ilişkili faktörler AP-1/DNA kompleksinin yapısı AP-1, Jun ve Fos transkripsiyon faktörlerinden oluşmuş bir ikilidir, ikisinin birleştiği yerde bir lösin fermuar bölgesi (mavi) oluşur; iki alfa-sarmal arasında bulunan lösin kalıntıları bir fermuarın dişleri gibi birbirlerine geçerler c-Myc transkripsiyon faktörünün DNA'ya bağlanmış hali, şematik gösterim DNA'ya bağlanmış bir çinko parmağı bölgesinin şematik resmi Antennapedia homeobölge proteinin DNA'ya bağlanmış hali