Dna Polimeraz Canlı Türlerine Göre Gruplandırma

**Prof. Dr. Sinsi** · 08-20-2012

Canlı türlerine göre gruplandırma
Prokaryotik DNA polimerazlar
Bakterilerde 5 DNA polimerazın varlığı bilinmektedir:

Pol I: DNA tamirinde görev alır

Hem 5'-*3' polimeraz aktivitesi hem de 5'-*3' eksonükleaz activitesi vardır (RNA primerleri çıkarmak için)

DNA'ya bağlanması ile ondan ayrışması arasında ortalama 20 nükleotit ekler, yani ilerleyiciliği (İng

processivity) azdır

Pol II: Zarar görmüş DNA'nın ikileşmesinde görev alır; 3'-*5' eksonükleaz aktivitesi vardır

Pol III: Bakterilerin esas polimerazıdır (DNA ikileşmesinde DNA'yı uzatır); 3'-*5' eksonükleaz prova okuma yeteneği vardır

Pol IV: Y ailesi üyesi bir DNA polimerazdır
Pol V: Y ailesi uyesidir; DNA'nın zarar görmüş bölgelerini aşmaya yarar

Arke DNA polimerazları
Arkelerde iki tip DNA polimeraz vardır

Polimeraz B: B tipi polimerazların hepsinin 3'-*5' polimeraz ve 5'-*3' eksonükleaz aktivitesi vardır

Tek alt birimden oluşurlar

Polimeraz D: Euryarchaeota'larda görülen bu DNA polimerazın iki alt birimi vardır

Büyük altbirim DP2 polimeraz aktivitesine sahiptir ama bunun çalışabilmesi için küçük DP1 biriminin de bulunmsı gerekir

Ökaryotik DNA polimerazlar
Ökaryotların en az 15 DNA polimerazı vardır:

Pol Î± (eşanlamlı adları DNA primaz, RNA polimeraz): primaz olarak etkir (bir RNA primer sentezler), ve sonra bu primeri DNA nükleotitleri ile uzatır

Yaklaşık 20 nükleotit sonra uzama reaksiyonu Pol Î´ (öncü iplikte) veya Îµ (gecikmeli iplikte) uzatma işlemini devralır

Pol Î²: DNA tamirinde görev alır, baz eksizyon tamiri ve boşluk doldurması yapar

Pol Î³: Mitokondrial DNA'yı ikileştirir ve tamir eder; 3'-*5' eksonükleaz aktivitesiyle prova okuması yapar

Pol Î´: Yüksek derecede ilerleyicidir ve 3'-*5' eksonükleaz aktivitesiyle prova okuması yapar

İkileşme çatalındaki gecikmeli iplik sentezinden sorumlu esas polimeraz olduğu düşünülmektedir ama bu konu hala tartışmalıdır

Pol Îµ: Bu da çok ilerleyici bir enzimdir ve 3'-*5' eksonükleaz aktivitesine sahiptir

Pol Î´ ile yakın akrabalığı vardır, ve öncü iplik (İng

leading strand) sentezinden sorumlu esas polimeraz olduğu düşünülmektedir ancak bunun rolü hakkında da tartışma sürmektedir

Î·, Î¹, Îº, ve Rev1, Y ailesi DNA polimerazlarıdır

Bu polimerazlar DNA zarar bölgelerinin atlanmasında işlev görürler

Başka ökaryotik polimerazlar da bilinmektedir ama bunlar iyi tanımlanmamıştır: Î¸, Î», Ï?, Ï?, ve Î¼

Başka polimerazlar daha vardır ama bunlar isimlendirilmesi halen yerleşmemiştir

Bu polimerazların hiçbiri primerleri çıkaramaz (5'-*3' eksonükleaz aktivitesi yoktur); bu fonksiyon başka enzimler tarafından sağlanır

Sadece uzamadan sorumlu polimerazların (Î³, Î´ ve Îµ) prova okuma yeteneği (3'-*5' eksonükleaz aktivitesi) vardır

Kaynak : Wikipedia

08-20-2012	#1
Prof. Dr. Sinsi	Dna Polimeraz Canlı Türlerine Göre Gruplandırma Canlı türlerine göre gruplandırma Prokaryotik DNA polimerazlar Bakterilerde 5 DNA polimerazın varlığı bilinmektedir: Pol I: DNA tamirinde görev alır Hem 5'-3' polimeraz aktivitesi hem de 5'-3' eksonükleaz activitesi vardır (RNA primerleri çıkarmak için) DNA'ya bağlanması ile ondan ayrışması arasında ortalama 20 nükleotit ekler, yani ilerleyiciliği (İng processivity) azdır Pol II: Zarar görmüş DNA'nın ikileşmesinde görev alır; 3'-5' eksonükleaz aktivitesi vardır Pol III: Bakterilerin esas polimerazıdır (DNA ikileşmesinde DNA'yı uzatır); 3'-5' eksonükleaz prova okuma yeteneği vardır Pol IV: Y ailesi üyesi bir DNA polimerazdır Pol V: Y ailesi uyesidir; DNA'nın zarar görmüş bölgelerini aşmaya yarar Arke DNA polimerazları Arkelerde iki tip DNA polimeraz vardır Polimeraz B: B tipi polimerazların hepsinin 3'-5' polimeraz ve 5'-3' eksonükleaz aktivitesi vardır Tek alt birimden oluşurlar Polimeraz D: Euryarchaeota'larda görülen bu DNA polimerazın iki alt birimi vardır Büyük altbirim DP2 polimeraz aktivitesine sahiptir ama bunun çalışabilmesi için küçük DP1 biriminin de bulunmsı gerekir Ökaryotik DNA polimerazlar Ökaryotların en az 15 DNA polimerazı vardır: Pol Î± (eşanlamlı adları DNA primaz, RNA polimeraz): primaz olarak etkir (bir RNA primer sentezler), ve sonra bu primeri DNA nükleotitleri ile uzatır Yaklaşık 20 nükleotit sonra uzama reaksiyonu Pol Î´ (öncü iplikte) veya Îµ (gecikmeli iplikte) uzatma işlemini devralır Pol Î²: DNA tamirinde görev alır, baz eksizyon tamiri ve boşluk doldurması yapar Pol Î³: Mitokondrial DNA'yı ikileştirir ve tamir eder; 3'-5' eksonükleaz aktivitesiyle prova okuması yapar Pol Î´: Yüksek derecede ilerleyicidir ve 3'-5' eksonükleaz aktivitesiyle prova okuması yapar İkileşme çatalındaki gecikmeli iplik sentezinden sorumlu esas polimeraz olduğu düşünülmektedir ama bu konu hala tartışmalıdır Pol Îµ: Bu da çok ilerleyici bir enzimdir ve 3'-5' eksonükleaz aktivitesine sahiptir Pol Î´ ile yakın akrabalığı vardır, ve öncü iplik (İng leading strand) sentezinden sorumlu esas polimeraz olduğu düşünülmektedir ancak bunun rolü hakkında da tartışma sürmektedir Î·, Î¹, Îº, ve Rev1, Y ailesi DNA polimerazlarıdır Bu polimerazlar DNA zarar bölgelerinin atlanmasında işlev görürler Başka ökaryotik polimerazlar da bilinmektedir ama bunlar iyi tanımlanmamıştır: Î¸, Î», Ï?, Ï?, ve Î¼ Başka polimerazlar daha vardır ama bunlar isimlendirilmesi halen yerleşmemiştir Bu polimerazların hiçbiri primerleri çıkaramaz (5'-3' eksonükleaz aktivitesi yoktur); bu fonksiyon başka enzimler tarafından sağlanır Sadece uzamadan sorumlu polimerazların (Î³, Î´ ve Îµ) prova okuma yeteneği (3'-5' eksonükleaz aktivitesi) vardır Kaynak : Wikipedia*