Cevap : İndirgenemez Kompleks Sistemler

**Şengül Şirin** · 04-25-2009

r faktörün, sırası geldiğinde mutasyona uğrayan bir gen tarafından meydana getirilen doğru yapıya sahip kesici enzimlerle aktif hale getirldiğidirAncak makalede kesin verilere yani ispatlara rastlanmamaktadırYanlızca ihtimaller üzerinde durulmaktadır Ayrıca faktörlerin çalışmasını düzenleyen mekanizmaların o anda olması gerektiğine ve gerek tetik mekanizmasına ait gerekse düzenleyici mekanizmalara ait sayısız proteinin hangi sayısız mutasyonlarla ortaya çıktığına değinilmemektedir
Aşırı derecede kompleks bütün biyolojik sistemler için aynı yol izlenmektedir"Olasılıklar ve varsayımlar"Ancak savunma sisteminin evrimine dair ortaya atılacak öneriler, kanın pıhtılaşması mekanizmasının karşılaştığı devasal problemlerin benzeri ile karşılaşacaktır
Sonuç ;
Bu aşırı derecede kompleks sistemin evrimsel bir süreç içerisinde aşama aşama meydana gelmesi imkansızdır
Buna pek şaşırmamak gerekir
Caddenin ortasında bir otomobil durduğunu varsayınBu otomobilin nasıl meydana geldiğini çözmek için, dünyadaki bütün mühendislerin kendine göre bir tez ortaya atığını varsayınOrtaya atılan hangi tez bu otomobilin tesadüflerle meydana geldiğini ortaya koyabilir?
Biyolojik sistemler bir otomobilin yapısından çok daha karmaşıktırBu yüzden hiç kimse bu kompleks sistemlerin nasıl meydana geldiğini doyurucu bir şekilde açıklayamamıştır

- KİTAPLARIMIZDAKİ NÜKLEOTİDLER - Lise ve ortaokul kitaplarında hücrenin yapısını en genel manasıyla okumuşuzdurHücre enerji kaynağı olarak ATP adı verilen bir molekülü kullanır ve bu enerji kaynağı ile hücrede gerekli olan diğer moleküllerin sentezi yapılırSentezi yapılan bu moleküllerden en tanınanı, DNA nın yapıtaşlarından birisi olan AMP (Adenin-1-fosfat) dir
Biliyoruzki AMP ler hücrenin sitoplazmasındaki sayısız enzimlerin yardımıyla üretilirler ve daha sonra DNA veya RNA replikasyonunda yapı taşı olarak kullanılırlarKitaplarda nükleotid metabolizması bu şekilde genellenmiştir
Bazı bilim adamları, ilkel çorbada RNA nın kendini kopyalanması (her nasıl olduysa) için nükleotidlerin ortamda "tesadüflerle" meydana geldiğini söylerler (zaten başka bir seçenek yoktur)
Tesadüfen ilkel çorbada var olduğu ileri sürülen meşhur nükleotidlerimizin hücrede nasıl sentez edildiğini öğrenmek istermisiniz ?
Eğer kan pıhtılaşması ve savunma mekanizması yazılarını anlamak için insan üstü bir gayret sarfetmiş iseniz (ve hala netleştiremediyseniz), bu bölüme yanlızca bir göz gezdirmeniz tavsiye olunurEn azından karmaşanın boyutunu hakkında fikir edinirsiniz !
Sıkı durun !
Şu an vücudunuzdaki 70 trilyon hücreden yanlızca 1 tanesinin içerisinde "Adenin nükleotidi" sentezi başlıyor ;
(**Açıklama**)
Bir ev inşaatı yapacaksanız enerjiye ihtiyacınız vardır Bazen enerji, sadece işçilerin kol kaslarındadır, bazen de bu enerji buldozerler veya beton pompaları için gereklidir Hücrenin de AMP'yi sentezlemesi için enerjiye ihtiyacı vardır Hücrenin enerjisi ayrı paketçiklerden gelirBunlara "'enerji topu" olarak düşünebilirsinizBunları, kaslara enerji veren çikolata parçaları, makinaları çalıştıracak benzin varilleri olarak düşünebilirsiniz ATP ve GTP olarak adlandırabileceğimiz farklı enerji topları bulunmaktadır
Bir evin yapımı nasıl temelden başlarsa, AMP sentezi de temelden başlar Temeli oluşturan diğer karmaşık molekülün sentezine deyinmeyeceğizBu molekül bir dizi atom halkasından oluşur ve yapısında dört karbon ve bir oksijen bulunur Üç karbon halkasına oksijen atomları bağlıdırZincirdeki dördüncü karbon halkasına da başka bir karbon bağlıdır ve ona bağlı bulunan oksijene de, üç oksijeni olan bir fosfor atomu bağlanırAMP sentezinin ilk aşamasında, iki fosfor atomu ve altı oksijen atomundan oluşan bir grup Enzim - 1 tarafından transfer edilir Bunlar, temel molekülün bir oksjenine bağlanarak Aracı-2'yi oluşturur Bunun gerçekleşmesi için de bir enerji topu gerekmektedirAracı - 2 de AMP ve diğer birçok molekülün sentezlenmesinde başlangış noktası olarak bulunurSonraki aşamada Enzim - 2, glutamin aminoasidinden bir azot alır ve onu daha sonra karbon halkasına yerleştirerek Aracı - 3'ü oluşturur Aynı aşamada önceden bağlanan fosfor/oksijen grubu, son aşamada dışarı atılır Kafanızda daha rahat canlandırabilmeniz için temel moleküle F diyeceğiz
İlk noktada F harfine bağlı bir azot atomu bağlanmıştırAzot atomlarını beyaz, karbon atomlarını siyah ve oksijenleri ise gri olarak hayal edin Son ürün AMP'yi oluşturacak atomların, bağlanma sıralarına göre numaralandırıldığını varsayınEnzim - 2'nin yol göstermesiyle, Glycine adlı aminoasit (bir karbona bağlı azot atomunun, başka bir karbon ve iki oksijen atomuna bağlanmasıyla oluşur) gelir ve Aracı - 3'ün karbon atomlarından birine ait azota bağlanır Bu da ATP enerji topunu kullanır Bu işlem sırasında iki oksijenden birine bağlı olan 2karbon dışarı atılır Bu noktada molekül, sanki rüzgarda dalgalanan bir kuyruğu var gibi görünmektedir Ortaya çıkan son ürün AMP ise çok farklı görünecektir, temele bağlı iki sert ve birleşik bir halka gibi Bulunduğumuz yerden oraya gelmek için molekül doğru yolu izleyerek kimyasal olarak hazırlanmalıdırSonraki aşamada ise, iki oksijenin bir karbona bağlanmasından oluşan ve formik asit içeren bir molekül (buradaki iyon format) Aracı - 5'i oluşturmak üzere Aracı - 4 ve 4azot ile bağlanırBu sırada formata ait oksijenler serbest kalır Doğal olarak format aktif değildir ve hazırlık yapması için diğer moleküllere bağlanması gerekir
Biyokimya kitaplarından birisi, ilkel çorbada ortaya çıkacak olan bu sorunu şöyle dile getirmektedir ;
" Format fizyolojik koşullar altmda tepkimeye girmez ve etkin olabilmesi için aktif hale getirilmesi gerekir Buradaki temel nokta (TFP), formaldehid ve formatı kimyasal olarak dengeli bir ortamda tutmaktır, böylece hücreye zarar verecek tepkimeler ortaya çıkmaz ve belirli enzimlerin faaliyeti için uygun bir ortam oluşur "
Bu alntıda gördüldüğü gibi format, solüsyon içinde yüzen bir madde değildirÖncelikle B vitamini olan folik asidin kuzeni sayılabilecek THF adlı vitamine bağlanır (vitaminin nasıl sentezlendiğini sakın sormayın !)Bu da bir enzim ile vitamine bağlandığında (yine ATP gibi bir enerji topu gerekmektedir), format tepkimeye hazır hale gelir THF-format kompleksi ise, Enzim - 4 tarafından yönlendirilmedikçe kesinlikle Aracı-4 ile birleşerek Aracı - 5'i oluşturmaz Eğer tepkimeye hazır durumda olsaydı hücrenin içinde yüzecek ve karşısına çıkacak uygun bir maddeyle birleşecek ya da çözünecekti Sonuçta AMP sentezi de tamamıyla karışacaktı
Fakat bu gerçekleşmez, çünkü kılavuz enzimler her aşamayı yönlendirerek doğru ürünlerin elde edilmesini sağlarlarBundan sonraki adım ise Aracı - 4'e ait 2karbona bağlı oksijen atomunu, bir azot atomu ile değiştirmektir Bu molekülü amonyak ile karşılaştırdığmızda istenilen sonuç elde edilecektir fakat hücrenin üzerine amonyağı öylece atamayız çünkü istenilmeyen maddelerle de tepkimeye girebilir Bu nedenle ihtiyaç duyulan azotu yerleştirebilmek için aminoasidin bir parçası kullanılırEnzim - 4'ün gözetimindeki glutamin, Aracı - 4'e yaklaşır ve böylece ona ait ilk aminoaside bağlanma imkanı doğar Enzimlerin tepkimeleri kataliz etme becerisi sayesinde, azot aminoasitten kopar ve oksijen Aracı -5 'ten ayrılır Böylece Aracı - 6'yı oluşturmak için azot yerini alır Bu aşamada da ATP enerji topu olarak kullanılır
(**Açıklama sonu**)
Ne yazıkki derin bir nefes alamayacaksınız çünki buraya kadar olan kısım AMP üretiminin ilk basamağıydıBundan sonraki reaksiyonlar ise AMP sentezinin tamamlandığı 2bölümü oluşturmaktadır
Devam edelim (Gücümüzün yettiği kadar !)
(**Açıklama**)
Bir AMP molekülünün inşaası için bir sonraki aşama, son aşamadaki uygulamanın benzeridir Tekrar bir azot atomu alacağız ve onu bir karbona bağlanmış olan oksijen atomunun yerine koymak için kullanacağız, bu aşamada da tekrar ATP enerji topu kullanılacaktır Ancak bu defa dışarıdan bir azot getirmek zorunda değiliz Bunun yerine 1azotu kullanacağız, bu da zaten molekülümüzde önceden vardı Temel moleküle yerleştirilen bu azot, birkaç adım önce fosfor ve oksijen grubunu devreden çıkarmıştı, şimdi ise tekrar sahneye gelirZincirde son sırada bulunan oksijen atomunun yerini alır Ama daha önceki aşamada aminoasitlerden gelen azotun tersine, bu azot diğer atomlarla bağlarını koparmazAracı - 7 'de yeni bir bağ kurar Bu düzenlemedeki ilginç nokta, azotun bir atom halkası oluşturmasıdır Halkanın beş üyesi vardır ve iki grup buna yapışık durmaktadırİlk grup, son adımda tanıtılan 6azot ikinci grup ise temel moleküldür
Bir kutu sodayı çalkalayıp kapağını açtığınızda, genellikle dışarı püsküren sıvı bizi ıslatır Bu püskürmenin nedeni, sıvının içinde erimiş halde bulunan karbondioksit gazının aniden serbest kalmasıdırBazı karbondioksitler aynı zamanda hücresel sıvılar içinde de erir (buna rağmen hayvanlar çalkalandıklarında genellikle köpürmezler) ve biyokimyasal reaksiyonlarda kullanılabilirler Bu canlı için avantaj sağlar, çünkü AMP sentezinin sonraki aşamasında karbondioksit gerekmektedirReaksiyonda gaz molekülü (aslında suyla birleşmiş benzeri bikarbonat) Enzim - 7 tarafından 3karbona yerleştirilerek Aracı - 8'i oluşturur Bu aşamada ATP enerji topu olarak devreye girerŞimdi bir amonyak molekülü daha eklemek gerekmektedir Bu aşamada aynı şekilde ATP enerji topu kullanılacaktır Geçen sefer amonyağın eklendiği gibi, bu molekül solüsyonda serbest durumda bulunmamaktadır (karbondioksit ise böyledir), bir aminoasit tarafından verilecektir Fakat bu defa aspartik asit olarak adlandırılan aminoasit bu bağışı yapar Ve bir hareketle Aracı - 8 ile tepkimeye giren azot aminoasitten ayrılmaz, istediğimiz azotu elde ettiğimiz gibi, aynı zamanda bir de istemediğimiz bir dizi atom Aracı - 9'a bağlı durumda bekler Hemen Enzim - 9 bu istenmeyen birikmeyi ortadan kaldırır ve yalnız gereksiz kısmı keserek atar
Sonuçta ortaya, yarı tamamlanmış Aracı - 10 molekülü çıkarYine bir vitamine bağlı, aktif durumdaki başka bir molekül, Aracı - 10'daki 6azot'a bağlanarak Aracı - 11'i oluşturur Bundan sonraki adımda ise Enzim - 10, 8azotu yönlendirerek, onun yeni bağlanan parçadaki oksijeni dışarı atmasını sağlar Böylece 9karbona bağlanır ve Aracı - 12 oluşur Tepkimeye giren azot, ilk adımda bağlandığı karbondan kopmadığı için reaksiyon başka bir halka daha oluşturur Aracı - 12'nin birbirine geçmiş iki halkası sert ve önceki atom halkalarındaki gibi gevşek değildir Bu aşamada oluşan altı üyeli halka, birkaç aşama önce oluşan beş üyeli halka ile benzerlikler taşır Çünkü son adımdaki kimyasal reaksiyon, bir önceki ile çok benzerdir Fakat bu iki adım birbirine çok benzese de, iki farklı enzim tarafından katalize edilirler Bunun nedeni, sentez sırasında molekülün şeklinin değişmiş olması ve enzimlerin de çoğunlukla şekil değişikliklerine karşı son derece hassas olmalarıdır
Aracı - 12, aslında IMP adında bir nükleotiddir ve bazı biyomoleküllerde kullanılır (örneğin, belli bir protein sentezinde kullanılan RNA, bir miktar IMP içermektedir) Bir önceki adımda olduğu gibi, Enzim - 12 aspartik asit aminoasidine ait bir molekülü altı üyeli halkaya ekler ve oksijeni dışarı atarak, moleküle azot atomunun gelmesini sağlar Bu da Aracı - 13'ü oluşturur Bu aşamada da enerji topları kullanılmıştır fakat bu sefer ATP değil, bunun yerine GTP molekülü kullanılmıştır Yine geçen sefer aspartik asidin bağlandığında olduğu gibi işe yaramaz bir parça oluşur Hemen Enzim - 9 geri gelir (sentezde iki kez kullanılan tek enzimdir) ve gereksiz kısmı keserek geriye sadece ihtiyaç duyulan azot atomunu bırakır
(**Açıklama sonu**)
Nihayet bitti ;
Sonunda elimizde bir AMP bulunmaktadırBu molekül, DNA ve RNA nın sentezi için gerekli olan "yapı taşlarından" yalnızca bir tanesidir
Bütün bu maceranın sonucunda öğrendiğimiz gerçek şudur ;
Bu sistemin tesadüfen ilkel çorbadan sıyrılmasını düşünmek, masallar diyarına yolculuk etmek demektirBu aşırı derecede karmaşık mekanizmanın prebiyotik ortamda (hücre dışı ilkel çorbada) meydana gelmesi bilimsel ve mantıksal olarak imkansızdır
AMP ve daha sonraki aşamalarda tesadüfen ATP oluşumunun ne derece imkansız olduğu, bir paragrafta şu şekilde dile getirilir ;
" Stanley Miller, basit moleküllerden adenin sentezlenmesinin kolaylığından oldukça etkilenmişti, fakat hücre böyle basit sentezlerden kaçınır
Aslında (resmi kimyasal isimleriyle) "Riboz - 5 - fosfat", glutamin, aspartik asit, glisin, N(lO)-formyl- THF, karbondioksit ve ATP ile GTP gibi enerji paketleri, AMP sentezinde kullanılan moleküllerin tamamı suda çözünerek eritilirse, ve çok uzun bir süre bu karışım bekletilirse (binlerce veya milyonlarca yıl) hiçbir zaman bir AMP elde edilemez !
Eğer Stanley Miller bunları karıştırıp yine bekleseydi, sanırım büyük bir hayal kırıklığına uğrardı"
("İlkel Şartlarda Adenin sentez Mekanizmaları"/Oro,J-1961/s191 ve "Yaşamın Kökeni ve RNA Evolüsyonu" Joyce, GF-1989/s338)
İstanbul'dan Ankara'ya gitmek için yalnızca ayakkabıya ihtiyacımız vardır Fakat İstanbul'dan Amerika'ya gitmek için, ayakkabıdan daha fazlasına ihtiyaç duyarız, ancak bir gemi ile Amerika'ya gidebilirizİstanbul'dan Mars'a gitmek için yüksek teknolojiye, roketlere muhtaç kalırızAynı şekilde hücrede AMP sentezi için çok yüksek bir teknoloji gerekmektedirBunlar da sentezin her aşamasında rol oynayan enzimlerdirBu enzimler olmaksızın AMP elde edilemez
Buradaki önemli nokta şudur ;
AMP ve ATP, laboratuvarlarda özel sentezleme metodlarıyla elde edilebilseler de, bu yöntemler hiçbir zaman ayakkabılardan roketlere giden biyolojik yolu ilkel çorbalar ile açıklayamaz

İlkel Çorbadaki Meşhur Reaksiyonlarımız A --> B --> C --> D Efsanelerine Dair ; A bileşiğinin, B ve C aracıları tarafından D bileşiğine dönüştürüldüğü bir metabolizma sentezi olarak düşünün Bu tepkimeler aşamalı olarak evrimleşmiş olabilir mi?
Eğer A, B ve C hücre için gerekli olan bileşiklerse, ve aynı zamanda B, C veya D başlangıçtan itibaren gerekli değilse, bu durumda yavaş bir gelişmeyi normal karşılayabilirdik Hücre A maddesini aşamalı mutasyonlar sonucu oluştururken, fazladan B bileşiği oluşmuştur Eğer B'nin hücreye bir zararı yoksa, belki de zamanla yapacak bir şeyler bulmuş olabilir Böylece senaryo tekrarlanır ve rastgele bir mutasyon sırasında hücre B maddesinden C'yi üretir ve daha sonra C için yapacak bir iş bulunur ve bu böylece gider
Ne var ki, D maddesinin en başından itibaren gerekli olduğunu düşünelim Mesela AMP yeryüzündeki hayatın devamı için gereklidir DNA ve RNA sentezlerinde kullanılır ve aynı zamanda başka önemli moleküllerin üretiminde de gereklidir Belki AMP gerektirmeyen bir canlı organizmanın var olması mümkün olabilir, fakat bunun nasıl olabileceği konusunda hiçbir fikrimiz yok
Zaten Darwin'in evrim teorisinin ana problemi de burada yatıyorEğer hücrenin içinde sadece karmaşık biyosentetik bir sentezin sonucunda oluşan madde kullanılıyor olsaydı, bu sentezin evrimleşme aşamaları ne olabilirdi? Eğer A, B ve C maddeleri sadece D'yi oluşturmak için varsa, organizmanın sadece A maddesini üretmesinin ona ne faydası olabilir? Ya da, A maddesini üretiyorsa, B yi ne amaçla üretebilir?
Eğer hücre AMP molekülüne ihtiyaç duyuyorsa, bu durumda Aracı - 3,4 veya 5'i üretmesinin ne anlamı olabilir?
Aracı maddelerin bir işe yaramadığı metabolizma olaylarının varlığı, Darwin'in evrim teorisine bir meydan okumadır ! Aynı mantık AMP için de geçerlidir, çünkü hücrenin hiçbir alternatifi yoktur
"AMP molekülü hayatın sürekliliği için gereklidirHücre ya hemen AMP üretir, ya da ölür"
Thomas Creighton adında bir bilim adamı bu paradoksu şu şekilde dile getirir
"Aminoasitlerin, nükleotidlerin, şekerlerin, ve bunu gibi yapıtaşlarının biyosentez yöntemlerinden bahsedilirken evrimciler bunların zaten ortamda bulunduğunu varsayarak hareket ederlerAncak bu maddelerin ilkel çorbada var olması bir hayaldirAyrıca organizmaların sayıca arttıkça bu maddelerin ortamdaki miktarı azalma göstermezmiydi ? Bu senaryoya göre metabolizma sentezlerinde ortaya çıkan enzimlerin, modern bilimin ortaya çıkardığı yönün tam aksi yönde gelişmiş olması gerekir "
(Creighton, T (1993) "Prtoeinler : Strüktürler ve Moleküler aşamadaki Hazırlıklar"/s131)
DrBehen'in yorumu ise şu şekildedir ;
"A ve B ile diğerlerini nasıl elde edebiliriz? Çorbanın içinden tabii kiFakat burada ilginç bir gerçek, A --> B -->C --> D sentezinde kullanılan temsili harflerin yerine hiçbir zaman gerçek kimyasal maddelerin adları konmamış olduğudur
İnsan kendi hayal gücünü kullanırsa çorba benzeri bir karışımm içinde C maddesinin serbestçe dolaştığnı ve sonra bir şekilde D'ye dönüştüğünü umabilir, fakat Aracı - 13 olarak adlandırılan "Adenil süksinat " maddesinin AMP'ye dönüştüğünü hayal etmek biraz daha zor olacaktır Hatta Aracı - 8 olarak adlandırılan "Karboksiaminoimidazol Ribotide" maddesinin ilkel çorbada kendi halinde, "5-Aminoimidazol-4-(N-Süksinil Karboksi Amid Ribotide) (Aracı-9) maddesine dönüşmesini beklemek ise hayal gücü sınırlarını iyice zorlamak demektir
Bunlara inanmak gerçekten çok zor, çünkü kimyasal maddelerin gerçek adları kullanıldığında, bunları üretebilecek gerçek isimlerin kullanılması gerekirFakat hiç kimse bunu yapmamıştır"
(Darwinin Kara Kutusu/s157)

KOMŞUMUZUN BAHÇESİ Komşumuzun bahçesine bitişik çukurumuza geri dönelimKomşumuz bize küçük bir çukurun üzerinden atladığını söylemişti ve bizlerde komşumuza inanmıştıkİşte bu esrarengiz komşumuz olan Darwinin, küçük sıçramalarla açıklamaya çalıştığı çukurun genişliği, ancak "Helikopterle " aşılacak derecede büyümüştürArtık komşumuza inanmıyoruz
Buraya kadar anlatılan biyokimyasal mekanizmaların milyarlarca yıllık bir süreç içerisinde aşama aşama meydana gelmesi imkansızdırBu sonuca varmamıza bilimin kendisi yardımcı olmuşturEvrim teorisi ortaya atılmıştır, ancak defalarca çürütülmüştür
Yeryüzünde canlılığın nasıl başladığı sorusuna iki şekilde cevap verebiliyordukBirinci şıkkımız olan "Evrim teorisi" elenmiş durumda
İkinci şıkkın yanıtı için DNA kaşifi Francis Crick şu yorumu yapar ;
"Yeryüzünde hayat, dünya dışı zeki yaratıkların dünyaya gönderdiği biyolojik roketler neticesinde başlamış olabilir, yani hayat bir tür tomurcuklanma ile başlamış olabilir"
Bilim adamları "Akıllı tasarımcı" 'yı uzaydaki meçhul yaratıklarda aramaktadırAncak düşüncelerini, kainatın muhteşem dengesine ve doğadaki mükemmel organizmalar ile onların faydalandıkları nimetler üzerine yoğunlaştırsalardı, sonsuz ilim ve kudret sahibi yaratıcıyı görmeleri pek zor olmayacaktı

04-25-2009	#2
Şengül Şirin	Cevap : İndirgenemez Kompleks Sistemler r faktörün, sırası geldiğinde mutasyona uğrayan bir gen tarafından meydana getirilen doğru yapıya sahip kesici enzimlerle aktif hale getirldiğidirAncak makalede kesin verilere yani ispatlara rastlanmamaktadırYanlızca ihtimaller üzerinde durulmaktadır Ayrıca faktörlerin çalışmasını düzenleyen mekanizmaların o anda olması gerektiğine ve gerek tetik mekanizmasına ait gerekse düzenleyici mekanizmalara ait sayısız proteinin hangi sayısız mutasyonlarla ortaya çıktığına değinilmemektedir Aşırı derecede kompleks bütün biyolojik sistemler için aynı yol izlenmektedir"Olasılıklar ve varsayımlar"Ancak savunma sisteminin evrimine dair ortaya atılacak öneriler, kanın pıhtılaşması mekanizmasının karşılaştığı devasal problemlerin benzeri ile karşılaşacaktır Sonuç ; Bu aşırı derecede kompleks sistemin evrimsel bir süreç içerisinde aşama aşama meydana gelmesi imkansızdır Buna pek şaşırmamak gerekir Caddenin ortasında bir otomobil durduğunu varsayınBu otomobilin nasıl meydana geldiğini çözmek için, dünyadaki bütün mühendislerin kendine göre bir tez ortaya atığını varsayınOrtaya atılan hangi tez bu otomobilin tesadüflerle meydana geldiğini ortaya koyabilir? Biyolojik sistemler bir otomobilin yapısından çok daha karmaşıktırBu yüzden hiç kimse bu kompleks sistemlerin nasıl meydana geldiğini doyurucu bir şekilde açıklayamamıştır - KİTAPLARIMIZDAKİ NÜKLEOTİDLER - Lise ve ortaokul kitaplarında hücrenin yapısını en genel manasıyla okumuşuzdurHücre enerji kaynağı olarak ATP adı verilen bir molekülü kullanır ve bu enerji kaynağı ile hücrede gerekli olan diğer moleküllerin sentezi yapılırSentezi yapılan bu moleküllerden en tanınanı, DNA nın yapıtaşlarından birisi olan AMP (Adenin-1-fosfat) dir Biliyoruzki AMP ler hücrenin sitoplazmasındaki sayısız enzimlerin yardımıyla üretilirler ve daha sonra DNA veya RNA replikasyonunda yapı taşı olarak kullanılırlarKitaplarda nükleotid metabolizması bu şekilde genellenmiştir Bazı bilim adamları, ilkel çorbada RNA nın kendini kopyalanması (her nasıl olduysa) için nükleotidlerin ortamda "tesadüflerle" meydana geldiğini söylerler (zaten başka bir seçenek yoktur) Tesadüfen ilkel çorbada var olduğu ileri sürülen meşhur nükleotidlerimizin hücrede nasıl sentez edildiğini öğrenmek istermisiniz ? Eğer kan pıhtılaşması ve savunma mekanizması yazılarını anlamak için insan üstü bir gayret sarfetmiş iseniz (ve hala netleştiremediyseniz), bu bölüme yanlızca bir göz gezdirmeniz tavsiye olunurEn azından karmaşanın boyutunu hakkında fikir edinirsiniz ! Sıkı durun ! Şu an vücudunuzdaki 70 trilyon hücreden yanlızca 1 tanesinin içerisinde "Adenin nükleotidi" sentezi başlıyor ; (Açıklama) Bir ev inşaatı yapacaksanız enerjiye ihtiyacınız vardır Bazen enerji, sadece işçilerin kol kaslarındadır, bazen de bu enerji buldozerler veya beton pompaları için gereklidir Hücrenin de AMP'yi sentezlemesi için enerjiye ihtiyacı vardır Hücrenin enerjisi ayrı paketçiklerden gelirBunlara "'enerji topu" olarak düşünebilirsinizBunları, kaslara enerji veren çikolata parçaları, makinaları çalıştıracak benzin varilleri olarak düşünebilirsiniz ATP ve GTP olarak adlandırabileceğimiz farklı enerji topları bulunmaktadır Bir evin yapımı nasıl temelden başlarsa, AMP sentezi de temelden başlar Temeli oluşturan diğer karmaşık molekülün sentezine deyinmeyeceğizBu molekül bir dizi atom halkasından oluşur ve yapısında dört karbon ve bir oksijen bulunur Üç karbon halkasına oksijen atomları bağlıdırZincirdeki dördüncü karbon halkasına da başka bir karbon bağlıdır ve ona bağlı bulunan oksijene de, üç oksijeni olan bir fosfor atomu bağlanırAMP sentezinin ilk aşamasında, iki fosfor atomu ve altı oksijen atomundan oluşan bir grup Enzim - 1 tarafından transfer edilir Bunlar, temel molekülün bir oksjenine bağlanarak Aracı-2'yi oluşturur Bunun gerçekleşmesi için de bir enerji topu gerekmektedirAracı - 2 de AMP ve diğer birçok molekülün sentezlenmesinde başlangış noktası olarak bulunurSonraki aşamada Enzim - 2, glutamin aminoasidinden bir azot alır ve onu daha sonra karbon halkasına yerleştirerek Aracı - 3'ü oluşturur Aynı aşamada önceden bağlanan fosfor/oksijen grubu, son aşamada dışarı atılır Kafanızda daha rahat canlandırabilmeniz için temel moleküle F diyeceğiz İlk noktada F harfine bağlı bir azot atomu bağlanmıştırAzot atomlarını beyaz, karbon atomlarını siyah ve oksijenleri ise gri olarak hayal edin Son ürün AMP'yi oluşturacak atomların, bağlanma sıralarına göre numaralandırıldığını varsayınEnzim - 2'nin yol göstermesiyle, Glycine adlı aminoasit (bir karbona bağlı azot atomunun, başka bir karbon ve iki oksijen atomuna bağlanmasıyla oluşur) gelir ve Aracı - 3'ün karbon atomlarından birine ait azota bağlanır Bu da ATP enerji topunu kullanır Bu işlem sırasında iki oksijenden birine bağlı olan 2karbon dışarı atılır Bu noktada molekül, sanki rüzgarda dalgalanan bir kuyruğu var gibi görünmektedir Ortaya çıkan son ürün AMP ise çok farklı görünecektir, temele bağlı iki sert ve birleşik bir halka gibi Bulunduğumuz yerden oraya gelmek için molekül doğru yolu izleyerek kimyasal olarak hazırlanmalıdırSonraki aşamada ise, iki oksijenin bir karbona bağlanmasından oluşan ve formik asit içeren bir molekül (buradaki iyon format) Aracı - 5'i oluşturmak üzere Aracı - 4 ve 4azot ile bağlanırBu sırada formata ait oksijenler serbest kalır Doğal olarak format aktif değildir ve hazırlık yapması için diğer moleküllere bağlanması gerekir Biyokimya kitaplarından birisi, ilkel çorbada ortaya çıkacak olan bu sorunu şöyle dile getirmektedir ; " Format fizyolojik koşullar altmda tepkimeye girmez ve etkin olabilmesi için aktif hale getirilmesi gerekir Buradaki temel nokta (TFP), formaldehid ve formatı kimyasal olarak dengeli bir ortamda tutmaktır, böylece hücreye zarar verecek tepkimeler ortaya çıkmaz ve belirli enzimlerin faaliyeti için uygun bir ortam oluşur " Bu alntıda gördüldüğü gibi format, solüsyon içinde yüzen bir madde değildirÖncelikle B vitamini olan folik asidin kuzeni sayılabilecek THF adlı vitamine bağlanır (vitaminin nasıl sentezlendiğini sakın sormayın !)Bu da bir enzim ile vitamine bağlandığında (yine ATP gibi bir enerji topu gerekmektedir), format tepkimeye hazır hale gelir THF-format kompleksi ise, Enzim - 4 tarafından yönlendirilmedikçe kesinlikle Aracı-4 ile birleşerek Aracı - 5'i oluşturmaz Eğer tepkimeye hazır durumda olsaydı hücrenin içinde yüzecek ve karşısına çıkacak uygun bir maddeyle birleşecek ya da çözünecekti Sonuçta AMP sentezi de tamamıyla karışacaktı Fakat bu gerçekleşmez, çünkü kılavuz enzimler her aşamayı yönlendirerek doğru ürünlerin elde edilmesini sağlarlarBundan sonraki adım ise Aracı - 4'e ait 2karbona bağlı oksijen atomunu, bir azot atomu ile değiştirmektir Bu molekülü amonyak ile karşılaştırdığmızda istenilen sonuç elde edilecektir fakat hücrenin üzerine amonyağı öylece atamayız çünkü istenilmeyen maddelerle de tepkimeye girebilir Bu nedenle ihtiyaç duyulan azotu yerleştirebilmek için aminoasidin bir parçası kullanılırEnzim - 4'ün gözetimindeki glutamin, Aracı - 4'e yaklaşır ve böylece ona ait ilk aminoaside bağlanma imkanı doğar Enzimlerin tepkimeleri kataliz etme becerisi sayesinde, azot aminoasitten kopar ve oksijen Aracı -5 'ten ayrılır Böylece Aracı - 6'yı oluşturmak için azot yerini alır Bu aşamada da ATP enerji topu olarak kullanılır (Açıklama sonu) Ne yazıkki derin bir nefes alamayacaksınız çünki buraya kadar olan kısım AMP üretiminin ilk basamağıydıBundan sonraki reaksiyonlar ise AMP sentezinin tamamlandığı 2bölümü oluşturmaktadır Devam edelim (Gücümüzün yettiği kadar !) (Açıklama) Bir AMP molekülünün inşaası için bir sonraki aşama, son aşamadaki uygulamanın benzeridir Tekrar bir azot atomu alacağız ve onu bir karbona bağlanmış olan oksijen atomunun yerine koymak için kullanacağız, bu aşamada da tekrar ATP enerji topu kullanılacaktır Ancak bu defa dışarıdan bir azot getirmek zorunda değiliz Bunun yerine 1azotu kullanacağız, bu da zaten molekülümüzde önceden vardı Temel moleküle yerleştirilen bu azot, birkaç adım önce fosfor ve oksijen grubunu devreden çıkarmıştı, şimdi ise tekrar sahneye gelirZincirde son sırada bulunan oksijen atomunun yerini alır Ama daha önceki aşamada aminoasitlerden gelen azotun tersine, bu azot diğer atomlarla bağlarını koparmazAracı - 7 'de yeni bir bağ kurar Bu düzenlemedeki ilginç nokta, azotun bir atom halkası oluşturmasıdır Halkanın beş üyesi vardır ve iki grup buna yapışık durmaktadırİlk grup, son adımda tanıtılan 6azot ikinci grup ise temel moleküldür Bir kutu sodayı çalkalayıp kapağını açtığınızda, genellikle dışarı püsküren sıvı bizi ıslatır Bu püskürmenin nedeni, sıvının içinde erimiş halde bulunan karbondioksit gazının aniden serbest kalmasıdırBazı karbondioksitler aynı zamanda hücresel sıvılar içinde de erir (buna rağmen hayvanlar çalkalandıklarında genellikle köpürmezler) ve biyokimyasal reaksiyonlarda kullanılabilirler Bu canlı için avantaj sağlar, çünkü AMP sentezinin sonraki aşamasında karbondioksit gerekmektedirReaksiyonda gaz molekülü (aslında suyla birleşmiş benzeri bikarbonat) Enzim - 7 tarafından 3karbona yerleştirilerek Aracı - 8'i oluşturur Bu aşamada ATP enerji topu olarak devreye girerŞimdi bir amonyak molekülü daha eklemek gerekmektedir Bu aşamada aynı şekilde ATP enerji topu kullanılacaktır Geçen sefer amonyağın eklendiği gibi, bu molekül solüsyonda serbest durumda bulunmamaktadır (karbondioksit ise böyledir), bir aminoasit tarafından verilecektir Fakat bu defa aspartik asit olarak adlandırılan aminoasit bu bağışı yapar Ve bir hareketle Aracı - 8 ile tepkimeye giren azot aminoasitten ayrılmaz, istediğimiz azotu elde ettiğimiz gibi, aynı zamanda bir de istemediğimiz bir dizi atom Aracı - 9'a bağlı durumda bekler Hemen Enzim - 9 bu istenmeyen birikmeyi ortadan kaldırır ve yalnız gereksiz kısmı keserek atar Sonuçta ortaya, yarı tamamlanmış Aracı - 10 molekülü çıkarYine bir vitamine bağlı, aktif durumdaki başka bir molekül, Aracı - 10'daki 6azot'a bağlanarak Aracı - 11'i oluşturur Bundan sonraki adımda ise Enzim - 10, 8azotu yönlendirerek, onun yeni bağlanan parçadaki oksijeni dışarı atmasını sağlar Böylece 9karbona bağlanır ve Aracı - 12 oluşur Tepkimeye giren azot, ilk adımda bağlandığı karbondan kopmadığı için reaksiyon başka bir halka daha oluşturur Aracı - 12'nin birbirine geçmiş iki halkası sert ve önceki atom halkalarındaki gibi gevşek değildir Bu aşamada oluşan altı üyeli halka, birkaç aşama önce oluşan beş üyeli halka ile benzerlikler taşır Çünkü son adımdaki kimyasal reaksiyon, bir önceki ile çok benzerdir Fakat bu iki adım birbirine çok benzese de, iki farklı enzim tarafından katalize edilirler Bunun nedeni, sentez sırasında molekülün şeklinin değişmiş olması ve enzimlerin de çoğunlukla şekil değişikliklerine karşı son derece hassas olmalarıdır Aracı - 12, aslında IMP adında bir nükleotiddir ve bazı biyomoleküllerde kullanılır (örneğin, belli bir protein sentezinde kullanılan RNA, bir miktar IMP içermektedir) Bir önceki adımda olduğu gibi, Enzim - 12 aspartik asit aminoasidine ait bir molekülü altı üyeli halkaya ekler ve oksijeni dışarı atarak, moleküle azot atomunun gelmesini sağlar Bu da Aracı - 13'ü oluşturur Bu aşamada da enerji topları kullanılmıştır fakat bu sefer ATP değil, bunun yerine GTP molekülü kullanılmıştır Yine geçen sefer aspartik asidin bağlandığında olduğu gibi işe yaramaz bir parça oluşur Hemen Enzim - 9 geri gelir (sentezde iki kez kullanılan tek enzimdir) ve gereksiz kısmı keserek geriye sadece ihtiyaç duyulan azot atomunu bırakır (Açıklama sonu) Nihayet bitti ; Sonunda elimizde bir AMP bulunmaktadırBu molekül, DNA ve RNA nın sentezi için gerekli olan "yapı taşlarından" yalnızca bir tanesidir Bütün bu maceranın sonucunda öğrendiğimiz gerçek şudur ; Bu sistemin tesadüfen ilkel çorbadan sıyrılmasını düşünmek, masallar diyarına yolculuk etmek demektirBu aşırı derecede karmaşık mekanizmanın prebiyotik ortamda (hücre dışı ilkel çorbada) meydana gelmesi bilimsel ve mantıksal olarak imkansızdır AMP ve daha sonraki aşamalarda tesadüfen ATP oluşumunun ne derece imkansız olduğu, bir paragrafta şu şekilde dile getirilir ; *" Stanley Miller, basit moleküllerden adenin sentezlenmesinin kolaylığından oldukça etkilenmişti, fakat hücre böyle basit sentezlerden kaçınır* Aslında (resmi kimyasal isimleriyle) "Riboz - 5 - fosfat", glutamin, aspartik asit, glisin, N(lO)-formyl- THF, karbondioksit ve ATP ile GTP gibi enerji paketleri, AMP sentezinde kullanılan moleküllerin tamamı suda çözünerek eritilirse, ve çok uzun bir süre bu karışım bekletilirse (binlerce veya milyonlarca yıl) hiçbir zaman bir AMP elde edilemez ! Eğer Stanley Miller bunları karıştırıp yine bekleseydi, sanırım büyük bir hayal kırıklığına uğrardı" ("İlkel Şartlarda Adenin sentez Mekanizmaları"/Oro,J-1961/s191 ve "Yaşamın Kökeni ve RNA Evolüsyonu" Joyce, GF-1989/s338) İstanbul'dan Ankara'ya gitmek için yalnızca ayakkabıya ihtiyacımız vardır Fakat İstanbul'dan Amerika'ya gitmek için, ayakkabıdan daha fazlasına ihtiyaç duyarız, ancak bir gemi ile Amerika'ya gidebilirizİstanbul'dan Mars'a gitmek için yüksek teknolojiye, roketlere muhtaç kalırızAynı şekilde hücrede AMP sentezi için çok yüksek bir teknoloji gerekmektedirBunlar da sentezin her aşamasında rol oynayan enzimlerdirBu enzimler olmaksızın AMP elde edilemez Buradaki önemli nokta şudur ; AMP ve ATP, laboratuvarlarda özel sentezleme metodlarıyla elde edilebilseler de, bu yöntemler hiçbir zaman ayakkabılardan roketlere giden biyolojik yolu ilkel çorbalar ile açıklayamaz İlkel Çorbadaki Meşhur Reaksiyonlarımız A --> B --> C --> D Efsanelerine Dair ; A bileşiğinin, B ve C aracıları tarafından D bileşiğine dönüştürüldüğü bir metabolizma sentezi olarak düşünün Bu tepkimeler aşamalı olarak evrimleşmiş olabilir mi? Eğer A, B ve C hücre için gerekli olan bileşiklerse, ve aynı zamanda B, C veya D başlangıçtan itibaren gerekli değilse, bu durumda yavaş bir gelişmeyi normal karşılayabilirdik Hücre A maddesini aşamalı mutasyonlar sonucu oluştururken, fazladan B bileşiği oluşmuştur Eğer B'nin hücreye bir zararı yoksa, belki de zamanla yapacak bir şeyler bulmuş olabilir Böylece senaryo tekrarlanır ve rastgele bir mutasyon sırasında hücre B maddesinden C'yi üretir ve daha sonra C için yapacak bir iş bulunur ve bu böylece gider Ne var ki, D maddesinin en başından itibaren gerekli olduğunu düşünelim Mesela AMP yeryüzündeki hayatın devamı için gereklidir DNA ve RNA sentezlerinde kullanılır ve aynı zamanda başka önemli moleküllerin üretiminde de gereklidir Belki AMP gerektirmeyen bir canlı organizmanın var olması mümkün olabilir, fakat bunun nasıl olabileceği konusunda hiçbir fikrimiz yok Zaten Darwin'in evrim teorisinin ana problemi de burada yatıyorEğer hücrenin içinde sadece karmaşık biyosentetik bir sentezin sonucunda oluşan madde kullanılıyor olsaydı, bu sentezin evrimleşme aşamaları ne olabilirdi? Eğer A, B ve C maddeleri sadece D'yi oluşturmak için varsa, organizmanın sadece A maddesini üretmesinin ona ne faydası olabilir? Ya da, A maddesini üretiyorsa, B yi ne amaçla üretebilir? Eğer hücre AMP molekülüne ihtiyaç duyuyorsa, bu durumda Aracı - 3,4 veya 5'i üretmesinin ne anlamı olabilir? Aracı maddelerin bir işe yaramadığı metabolizma olaylarının varlığı, Darwin'in evrim teorisine bir meydan okumadır ! Aynı mantık AMP için de geçerlidir, çünkü hücrenin hiçbir alternatifi yoktur "AMP molekülü hayatın sürekliliği için gereklidirHücre ya hemen AMP üretir, ya da ölür" Thomas Creighton adında bir bilim adamı bu paradoksu şu şekilde dile getirir "Aminoasitlerin, nükleotidlerin, şekerlerin, ve bunu gibi yapıtaşlarının biyosentez yöntemlerinden bahsedilirken evrimciler bunların zaten ortamda bulunduğunu varsayarak hareket ederlerAncak bu maddelerin ilkel çorbada var olması bir hayaldirAyrıca organizmaların sayıca arttıkça bu maddelerin ortamdaki miktarı azalma göstermezmiydi ? Bu senaryoya göre metabolizma sentezlerinde ortaya çıkan enzimlerin, modern bilimin ortaya çıkardığı yönün tam aksi yönde gelişmiş olması gerekir " (Creighton, T (1993) "Prtoeinler : Strüktürler ve Moleküler aşamadaki Hazırlıklar"/s131) DrBehen'in yorumu ise şu şekildedir ; "A ve B ile diğerlerini nasıl elde edebiliriz? Çorbanın içinden tabii kiFakat burada ilginç bir gerçek, A --> B -->C --> D sentezinde kullanılan temsili harflerin yerine hiçbir zaman gerçek kimyasal maddelerin adları konmamış olduğudur İnsan kendi hayal gücünü kullanırsa çorba benzeri bir karışımm içinde C maddesinin serbestçe dolaştığnı ve sonra bir şekilde D'ye dönüştüğünü umabilir, fakat Aracı - 13 olarak adlandırılan "Adenil süksinat " maddesinin AMP'ye dönüştüğünü hayal etmek biraz daha zor olacaktır Hatta Aracı - 8 olarak adlandırılan "Karboksiaminoimidazol Ribotide" maddesinin ilkel çorbada kendi halinde, "5-Aminoimidazol-4-(N-Süksinil Karboksi Amid Ribotide) (Aracı-9) maddesine dönüşmesini beklemek ise hayal gücü sınırlarını iyice zorlamak demektir Bunlara inanmak gerçekten çok zor, çünkü kimyasal maddelerin gerçek adları kullanıldığında, bunları üretebilecek gerçek isimlerin kullanılması gerekirFakat hiç kimse bunu yapmamıştır" (Darwinin Kara Kutusu/s157) KOMŞUMUZUN BAHÇESİ Komşumuzun bahçesine bitişik çukurumuza geri dönelimKomşumuz bize küçük bir çukurun üzerinden atladığını söylemişti ve bizlerde komşumuza inanmıştıkİşte bu esrarengiz komşumuz olan Darwinin, küçük sıçramalarla açıklamaya çalıştığı çukurun genişliği, ancak "Helikopterle " aşılacak derecede büyümüştürArtık komşumuza inanmıyoruz Buraya kadar anlatılan biyokimyasal mekanizmaların milyarlarca yıllık bir süreç içerisinde aşama aşama meydana gelmesi imkansızdırBu sonuca varmamıza bilimin kendisi yardımcı olmuşturEvrim teorisi ortaya atılmıştır, ancak defalarca çürütülmüştür Yeryüzünde canlılığın nasıl başladığı sorusuna iki şekilde cevap verebiliyordukBirinci şıkkımız olan "Evrim teorisi" elenmiş durumda İkinci şıkkın yanıtı için DNA kaşifi Francis Crick şu yorumu yapar ; *"Yeryüzünde hayat, dünya dışı zeki yaratıkların dünyaya gönderdiği biyolojik roketler neticesinde başlamış olabilir, yani hayat bir tür tomurcuklanma ile başlamış olabilir"* Bilim adamları "Akıllı tasarımcı" 'yı uzaydaki meçhul yaratıklarda aramaktadırAncak düşüncelerini, kainatın muhteşem dengesine ve doğadaki mükemmel organizmalar ile onların faydalandıkları nimetler üzerine yoğunlaştırsalardı, sonsuz ilim ve kudret sahibi yaratıcıyı görmeleri pek zor olmayacaktı